Splošne kontraindikacije za uporabo melatonina pri ljudeh z avtoimunskimi boleznimi ni. Melatonin, naravno prisoten hormon, ki je v prvi vrsti vključen v uravnavanje ciklov spanja in budnosti, na splošno velja za varnega in ga dobro prenašajo. Medtem ko raziskave možnih interakcij melatonina s posebnimi avtoimunskimi boleznimi še potekajo, ni ugotovljenih kontraindikacij, ki bi prepovedovale njegovo uporabo pri posameznikih z avtoimunskimi boleznimi. Če ima posameznik določena zdravstvena stanja ali se trenutno zdravi, je vedno priporočljivo, da se posvetujete z zdravstvenim delavcem, preden vzamete melatonin ali kateri koli dodatek ali zdravilo, da individualizirate njegovo oskrbo in odpravite morebitne pomisleke.